Pokud zaměstnanec během čerpání dovolené onemocní nebo utrpí úraz a lékař rozhodne o jeho dočasné pracovní neschopnosti, zaměstnavatel musí počítat s tím, že se dovolená ode dne vzniku pracovní neschopnosti automaticky přerušuje. Dny, které připadnou na dobu pracovní neschopnosti, se již za dovolenou nepovažují a zaměstnavatel je nemůže započítat jako vyčerpané volno. Nevyčerpanou část dovolené je proto nutné zaměstnanci umožnit vyčerpat v jiném termínu. Stejný princip se uplatní také v dalších zákonem stanovených případech, například při nástupu na mateřskou nebo rodičovskou dovolenou či při některých jiných překážkách v práci.
Pro správný postup je důležité, aby zaměstnanec zaměstnavatele o vzniku pracovní neschopnosti bez zbytečného odkladu informoval a její vznik doložil. Zaměstnavatel následně upraví evidenci čerpání dovolené a zajistí, aby zbývající část dovolené byla zaměstnanci poskytnuta v souladu se zákoníkem práce. Správné vedení evidence a dodržení zákonných pravidel pomáhá předejít sporům i případným pochybením při kontrolách.